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Ouvert aux contractuels >
Oui
Niveau / Corps / Catégorie du poste >
Catégorie A
BAP >
E
Service / UFR / Composante >
Département Sciences du vivant
Localisation >
75013

Diplôme requis

Outils spécifiques à l'activité
- Linux et programmation shell.
- Logiciels de simulation et de modélisation moléculaire
- Langage R
- Méthodes et Outils de bioinformatique (Séquences et de structure)

Compétences principales (savoirs, savoir-faire, savoir-être)
- Mathématiques
- Bibliothèques mathématiques
- Outils de calcul scientifique
- Modélisation et simulation numérique
- Algorithmique
- Bioinformatique
- Langage de programmation
- Méthodologie de conduite de projet

Descriptif du poste

L'activité de l'UMR-S1134, « Biologie Intégrée du Globule Rouge » (BIGR) est dédiée à l'étude du globule rouge normal et pathologique en combinant différentes échelles allant du moléculaire au tissulaire. L'Unité est organisée en 4 équipes développant des approches expérimentales et in-silico visant à élucider les structures géniques et protéiques des antigènes de groupes sanguins, les bases moléculaires de leurs polymorphismes et les mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans diverses pathologies héréditaires du globule rouge telles que la drépanocytose ainsi que dans la physiopathologie du paludisme sévère.
Après avoir oeuvré à sa création, l'Unité est membre du Laboratoire d'Excellence "GR-Ex : Biogénèse et pathologies du globule rouge" qui regroupe 32 équipes de recherche françaises et des cliniciens focalisant leurs activités de recherches et clinique sur le “globule rouge dans tous ses états”.
L'équipe DSIMB est l'équipe de bioinformatique et modélisation moléculaire de l'Unité. Elle est aussi la seule équipe de bioinformatique du GR-Ex. Son objectif est d'élucider les mécanismes qui régissent les fonctions importantes des protéines membranaires du globule rouge à l'aide d'informations sur leur structure et leur dynamique à l'échelle atomique.

Une partie de l'activité de DSIMB est consacrée à l'élaboration de nouvelles méthodologies bioinformatiques pour prédire et caractériser différents systèmes protéiques d'intérêt pour l'unité et le GR-Ex, en particulier.
A terme l'objectif est de développer de nouveaux médicaments susceptibles d'interférer avec les mécanismes moléculaires / cellulaires responsables de différentes pathologies érythrocytaires.

Descriptif de la mission du poste :

En tant qu'Expert.e en calcul scientifique vous aurez en charge le pilotage et le développement de méthodes numériques de simulation et d'outils bioinformatiques et leur application pour élucider les mécanismes moléculaires mettant en jeu les protéines et complexes protéiques impliquées dans les pathologies du globule rouge.
Vous participerez à des activités de formation et d'encadrement.

Activités principales
1. Recherche et développement en bio-informatique et modélisation moléculaire :
- Développer des méthodes originales de traitement de l'information pour exploiter des données structurales, génomiques et les simulations dynamiques associées aux molécules présentes dans les produits sanguins.
- Concevoir, développer ou adapter des méthodes numériques pour modéliser les interactions entre partenaires moléculaires.
- Développer des outils pour optimiser la visualisation des résultats.
- Assumer la conduite de projets et l'encadrement de stagiaires ou de doctorants.
- Collaborer à des projets de recherche au plan national et international et aux publications associées.
- Assurer une veille scientifique sur l'évolution des concepts et des méthodes en bio-informatique structurale et génomique
- Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales auprès des communautés professionnelles et scientifiques

2. Formation :
- Participer à des activités de formation en mathématiques et algorithmes appliquées à la biologie.
- Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en oeuvre des techniques de traitement de l'information en biologie
- Transmettre les connaissances et les compétences en matière de calcul scientifique, au travers de présentation et de formation

3. Encadrement :
Encadrer les étudiants en stage ou en doctorat

Modalités de candidature

Modalités de candidature
Poste ouvert aux agents titulaires de la fonction publique (détachement/mutation) et aux agents non titulaires.
Pour proposer votre candidature, envoyez votre dossier complet (CV et lettre de motivation) par mail à
M. Khallihanna KRAIDACHE, chargé de recrutement : khallihanna.kraidache@univ-paris-diderot.fr