Formation qualifiante - Séquençage haut débit : principes et exemples d'applications

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Formation qualifiante - Séquençage haut débit : principes et exemples d'applications

Domaine ministériel >
Sciences, Technologies, Santé
Composante de rattachement >
SDV
Lieu de formation >
Université Denis Diderot
Durée de la formation >
2,5 jours (15 heures)
Organisation des enseignements >
Formation continue non diplômante
VAE >
Non

Compétences visées

Connaissance des principes de fonctionnement des nouvelles technologies de séquençage haut débit et de la spécificité des différentes techniques à l’aide de quelques exemples d’applications. Une alternance de cours théoriques et de démonstrations sur ordinateurs permettra aux participants de prendre connaissance des procédures expérimentales du séquençage haut débit (appareillage, préparation des échantillons biologiques…) ainsi que des prérequis nécessaires à la mise en place d’une plate-forme de séquençage. Connaissance des différents aspects de l’analyse bioinformatique des données (définitions, différents formats de fichiers, exemples d’outils constructeurs disponibles). Familiarisation à l’utilisation de Galaxy.

Enseignements

Contenu de la formation

JOUR 1 (6h)

Présentation de la formation par G. Lelandais et I. Leclercq (1h)

 Méthodes de séquençage HTS (2h)

Principes de fonctionnement et spécificités des différentes techniques. Définitions (« read », « single-read », « paired-read », profondeur et couverture). Exemples d’applications.

Préparation du matériel biologique I (1h)

Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la recherche d’agents pathogènes.

Préparation du matériel biologique II (2h)

Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la génétique humaine.

JOUR 2 (6h)

Mise en place d’une plate-forme de séquençage HTS (1h30)

Préparer le laboratoire à un projet de séquençage. Achat d’une machine ? Laquelle choisir ? Spécifications techniques et coût. Comment réussir son installation ? Infrastructures informatiques (stockage, ressources de calculs).

Architecture d’un ordinateur (1h30)

Ressources de calculs nécessaires. Définitions importantes (le fichier FASTQ, notion de score qualité PHRED). Différents formats de fichiers (SAM, BAM, BED, VCF etc).

Appréhender l’analyse bioinformatique des données (1h30)

Présentation de différents cas d’études.

Initiation à Galaxy I (1h30)

Création d’un compte. Gestion de l’historique. Création et utilisation d’un « workflow ». Partage des données entre collaborateurs. Exemples d’application sur un jeu de données RNASeq.

JOUR 3 (3h)

Initiation à Galaxy II (1h30)

Visualisation des résultats. Différents serveurs disponibles. Forums. Groupes de discussion et tutoriaux.

Table ronde, bilan et discussions entre les participants (1h30).

Discussions scientifiques et retours de la formation animés par G. Lelandais et I. Leclercq

 

du 04 au 06 juin 2018

2.5 jours / 15 heures

850 €

(TVA 0% incluse)

Début de la formation >
Lundi, 4 juin, 2018

Admissions

Techniciens, ingénieurs et chercheurs biologistes des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant

amenés à travailler à court ou moyen terme avec les techniques de séquençage haut débit.

Modalité de candidature

Afin de connaître les procédures de candidatures, contactez le secrétariat pédagogique de la formation.

Contacts

Scolarité formation initiale

Françoise Peuvion
fcsdv@univ-paris-diderot.fr
0157278234